愈伤组织诱导成功后，如何有效地诱导出不定芽是相当重要的。外植体产生愈伤组织到的时间和愈伤生长的程度，随不同植物种类和培养条件有较大的差异。有些植物形成不定芽比较容易，能够直接从外植体受伤的或没有受伤的部位分化出不定芽。一般认为细胞分裂素/生长素的比值是控制器官发生的重要因素，调整他们的适当比值就可以有效的控制愈伤组织的芽、根等器官的分化。在此理论下，愈伤组织诱导不定芽的能力，与愈伤组织的状态密切相关，能够诱导形成分生细胞团至关重要，分生细胞排列较为规律，较大的在外，越向内细胞越小，排列也越紧密，细胞质浓厚，核相对较大，这样的分生细胞在激素比值调控的情况下，就很容易形成不定芽。这也就是为什么愈伤组织在继代的时候要交替使用不同激素的原因。