1、 物理方法
（1）干热灭菌
干热灭菌是在烘箱内对器皿进行杀菌处理，是一种彻底杀死微生物的方法。适用于玻璃器皿、金属器械的灭菌。不适合干热灭菌的材料有棉花、纱布、普通塑料制品等。
在进行干热灭菌时，待灭菌的物品不应在烘箱内排的太满、太挤，以妨碍空气流通，造成温度不均匀。灭菌时间为 150℃/40min 或 120℃/120min；如果发现芽孢杆菌，则应在 160℃下维持 90~120min。灭菌后的冷却时间不能太快，以防玻璃器皿因温度骤变而破碎，应等到温度降低到 50℃左右时再打开烘箱们，或直接存放在烘箱内待用。
（2）湿热灭菌
湿热灭菌即蒸汽灭菌，适用于各种器皿、培养基、蒸馏水、棉塞、纸等。灭菌的温度为 121℃维持 20~30min。在灭菌时，灭菌锅内的冷空气应彻底排净。此外，还应注意灭菌前加足水、灭菌完毕待气压降到零时才能开锅。
（3）过滤灭菌
培养基的灭菌一般用高压高温处理，但如果培养基中某些成分遇到高温易分解（如某些生长调节剂GA3、玉米素等）就需要过滤灭菌。承载微孔滤膜的装置叫过滤器，在使用前需将微孔滤膜和过滤器分别包装，同时高温灭菌，然后在超净工作台上把滤膜放在滤器里方可使用，也可直接购买一次性塑料过滤器。
（4）射线灭菌
主要是利用紫外灯进行照射，适合实验室空气、操作台等，灭菌时间20~30min。需要注意的是紫外灯灭菌后应保持一段时间的黑暗，一般关灯后维持 10min 方可进入。超净工作台关灯后要打开风机。
（5）火焰灼烧灭菌
用火焰灼烧达到灭菌目的，适用于接种器皿及金属接种工具的灭菌。
2 、化学方法
适用外植体、实验器皿、操作表面、皮肤等。现将常用的消毒药品及其配制、使用方法介绍如下。
（1）35%甲醛水溶液（HCHO）又名福尔马林，使蛋白质变性。用于培养室、无菌室的灭菌。
（2）0.1%升汞（HgCl₂）能使蛋白质变性，抑制酶类。0.1%升汞配制方法是称取升汞0.1g，用少许酒精溶解，再加水至 100ml 即可。
（3）苯酚（C₆H₅OH）又称石炭酸，5%浓度喷雾后，能使蛋白质变性沉淀。用时取苯酚（石炭酸）50ml，加水950ml配成。可用于工作服、实验桌的灭菌，杀菌效果同升汞。
（4）高锰酸钾（KMnO₄）氧化剂。0.1%浓度能使蛋白质与氨基酸氧化，失去酶的活性。用于消毒能抑制或杀死杂菌。
（5）乙醇又称酒精。酒精以75%浓度的效果最好，它能使蛋白质脱水变性。高浓度乙醇会使蛋白质很快脱水凝固，消毒作用反而减弱。
（6）新洁尔灭 0.25%新洁尔灭用于无菌箱、无菌室的消毒。使用时取新洁尔灭5%原液50ml，加水950ml 配成。
（7）漂白粉液取漂白粉 10g，加水140ml 配成。通常在使用前临时配制，静置1~2h，取上清液喷射，进行室内消毒。