植物组织培养繁殖技术的商业化生产就是要通过组织培养快速繁殖技术的应用大量繁殖某一优良材料，实现投资利润。因此，在应用植物组织培养技术商业化应用之前，首先要考虑生产目的产品的成本是多少，然后确定产品价格，开展市场分析。可以说，组织培养商品化生产既有工厂化生产的特点，可以在室内周年进行，不受季节的影响，又有农业生产的特点，需要在温室或田间种植，受气候和季节的影响。因此，相对而言，组织培养快速繁殖苗木的成本核算比较复杂，需要综合多项因素进行分析。
　　试管繁殖成本应当分别考虑组织培养环节的消耗和移栽培育的消耗，通常是以单位时间内的生产费用除以总成品苗数量，得出单株生产成本。从目前我国组织培养工厂化生产的实践看，组织培养成本与繁殖苗木的种类或品种密切相关，不同植物种类的组织培养成本相差很大，从每株0.05元（草莓）到0.64元（兰花），有些品种还更贵。一般木本植物试管繁殖成本高于草本，主要是木本植物继代增殖周期较长、增值倍率较低，且试管外移栽阶段周期较长，成本较高。组织培养生产环节的主要成本组成如下：
　　（1）人工费用  组织培养工厂化生产除了正常的管理人员、技术人员的工资外，还需要大量的接种操作人员，这笔费用在组织培养生产成本中占最大比例。据报道，该费用在国外组织培养工厂化生产中可以占到总成本的60%～70%，而国内由于人力工资便宜，仅占总成本的25%～45%。
　　（2）固定资产及设备折旧费  主要是厂房、管理办公用房及仪器设备设施的维护和折旧费用。生产办公用房一般依据结构不同按使用寿命10～20年折旧，温室及大棚按5～10年折旧，超净工作台一般按4～5年折旧。
　　（3）培养基费用  主要指配置培养基需要的化学试剂及去离子水或蒸馏水的消耗，通常在组织培养工厂化生产的成本中占据较小部分，约占总成本的2.5%～15%，一般不超过5%～10%。
　　（4）易耗品费用  主要玻璃器皿、照明灯具、小型工具等低值易耗品的损耗和折旧，通常按3年折旧计算；还包括移栽后的肥料、农药、地膜等农用物资的消耗，主要靠估算。
　　（5）水电费用  组织培养生产过程包括蒸馏水制备、消毒灭菌、接种、培养室光照、温度控制等需要消耗大量电能，因而水电费通常是组织培养工厂化生产成本的第二大因素，在国内可以占到总成本的1/7～1/3。国外电价相对较低，因而仅占成本的1/20～1/50。
　　（6）其他费用  主要包括技术开发、办公用品、人员培训、差旅费等费用，以及苗木产品税费等。